El Archivo Juan José Flores del Centro Cultural de la PUCE se ubica en La Mariscal, centro norte de Quito. Inaugurado el 11 de marzo de 1977 por su director, el Padre Jorge Villalba, es un espacio patrimonial que resguarda cerca de 9,000 bienes, entre documentos, libros antiguos, condecoraciones y objetos vinculados al período republicano, relacionados con Juan José Flores, su hijo y también mandatario Antonio Flores Jijón, y figuras como Bolívar, Sucre, Olmedo o García Moreno. El acervo, en gran parte donado por familiares de Flores, se conserva, investiga y difunde para beneficio de la comunidad. Ofrece mediaciones adaptadas a distintos públicos, así como muestras temporales de corta duración. Además, pone a disposición de investigadores y profesionales su fondo patrimonial, brindando apoyo en búsqueda, guía y acceso a la información, siguiendo protocolos de uso que garantizan la adecuada conservación y difusión de este legado histórico.