Museo ubicado en el edificio administrativo (planta central), contiguo al Teatro Universitario, en las instalaciones de la Antigua Biblioteca de la UCE en la ciudad de Quito. Conserva, investiga y expone las colecciones instrumentales y científicas procedentes de distintas facultades de la UCE. En su sala de exhibición se presentan periódicamente muestras temporales enmarcadas en los macroproyectos: UCE Identidad y Patrimonio; UCE Colecciones SIMYH; UCE Espacios SIMYH.